1、生物质锅炉安装有引风机、鼓风机、抽风机、管道风机、离心风机,这些风机都需要用电驱动，所以生物质锅炉不能缺电。
2、成本。生物质锅炉的初始成本高于常规燃油锅炉或电锅炉。
3、空间。生物质锅炉系统通常比燃油锅炉或天然气为燃料的燃气锅炉,需要一个单独的存储区域,所以需要大量的空间。
4、燃烧不充分导致排烟口冒黑烟，一些锅炉企业在没有经过研发和实验就匆匆把燃煤锅炉粗犷的改造成生物质锅炉。以为二氧化硫二氧化碳零排放就是环保锅炉，但是没有解决烟气排放的黑烟问题。在锅炉实际运行中造成浓烟滚滚，周边居民投诉不断，形成环保产品不环保的 黑烟难题，而我公司从2009年就组织科研团队赴欧美考察，潜心研发。采用三炉膛四回程的结构优势和旋风燃烧专利技术，经过二次补氧三次燃烧，使锅炉在燃烧时无黑烟、无灰尘、烟气排放优于燃油锅炉。
5、由于生物质颗粒生产的不规范导致螺旋自动给料系统卡料;
由于生物质锅炉采用螺旋自动给料系统，其螺旋阻力都是针对8个毫米生物质颗粒设计 的，而生物质颗粒产家为了降低成本，对颗粒环模模具实行二次或多次扩孔循环利用，造成市面上出现大量的9-10毫米的生物质颗粒。在客户使用时，由于颗粒阻力增大，经常造成螺旋给料卡住不下料，非要锅炉工手动给料，形成自动系统不自动。我公司科研团队在2010年就已发现此问题并采用翻版式给料设计和采用切割螺旋设计，并在此基础上增大电机功率的三大方法，成功解决自动系统不自动的卡料难题并成为行业首创。
6、料仓与炉膛无法分割，排烟管排气受阻就可能导致料仓回火;料仓回火燃烧，由于市面上所有生物质锅炉都采用螺旋给料系统，使料仓与炉膛无法分割，一旦烟管排气受阻，就会造成正压燃烧，使料仓造 成回火甚至燃烧，给客户带来严重的安全隐患，而自然人生物质锅炉科研团队对此科研公关采用倾斜防火给料增加给料气的阻力：并采用冷风导流和高压气阻等专利设计，解决了生物质锅炉料仓回火燃烧的难题。
