生物质锅炉的整体结构有效的包括了辅助设备、安全加药装置以及锅炉本体，生物质锅炉中有两个非常主要的部件就是锅筒和炉膛，其炉膛也被称为燃烧室，主要是供应其燃料燃烧的空间。
生物质锅炉在运行的过程中会有效的将其固体的燃烧放在其炉排上，在进行其火床燃烧的炉膛被称为火床炉，将液体、气体或磨成粉状的固体燃料，喷入火室燃烧的炉膛称为室燃炉，空气将煤粒托起使其呈沸腾状态燃烧，并适于燃烧劣质燃料的炉膛称为沸腾炉，又称流化床炉。
生物质锅炉中锅筒的内部装置主要包括了汽水分离、汽清洗装置、给水分配管、排污和加药设备等。其中汽水分离装置的作用是将从水冷壁来的饱和蒸汽与水分离开来，并尽量减少蒸汽中携带的细小水滴。
生物质锅炉的燃烧通常情况下可以分为三个阶段，即余热起燃阶段、挥发分燃烧阶段以及炭燃烧阶段，其生物质在振动炉排上的燃烧过程中可以分为预热干燥区、燃烧区和燃尽区，这可以与振动炉排的高、中和低端相对应。
生物质锅炉中其炉内的良好燃烧标志就是在炉内不结渣的前提下，尽可能接近完全燃烧，在使用时能够同时保证较快的燃烧速度，这样就可以得到高的燃烧效率，供应充足而有合适的空气量。
生物质锅炉要是过量空气系数过小，这样空气量就会供应不足，这样就会直接增大固体不完全燃烧的热损失，使燃烧效率降低；如果过量空气系数过大，则会降低炉膛温度，增加不完全燃烧热损失。
